Moduł system jest centralnym modułem systemu Meteoryt odpowiedzialnym za zarządzanie konfiguracją, użytkownikami, uprawnieniami oraz integracjami. Obsługuje rejestry systemowe, słowniki, moduły klientow, synchronizację, backup, logowanie SMS, galerię, atachy, zmienne środowiskowe, raporty, notatki, kalendarz, finanse, firmy, oddziały, etaty, waluty, konta bankowe, integracje zewnętrze, tokens API, backup CRN, OCR, markpro, inpost, furgonetka, oraz wiele innych funkcji systemowych. Umożliwia zarządzanie uprawnieniami, blokadą, logowaniem, hasłami, PIN, statusami użytkowników, oddziałami, synchronizacją offline, buforami, sesjami, lockami, logami, komunikatami, powiadomieniami, cronem, template'ami, dokumentami, kasa, finansami, płatnościami, modułami klientow, addonami, grupami, uprawnieniami, sesjami, lockami, logami, galerią, atachami, zmiennymi, powiadomieniami, oznaczeniami, konfiguracją, grupami, bazą danych, addonami, raportami, notatkami, ikonami, finansami, template'ami, cronem, walutami, kontami bankowymi, firmą, autami, płatnościami, modułami klientow, konserwacją, licznikami, akcją/integracją, bliską paczką, furgonetką, atachami kategoriami, galerią kategoriami, inpost, tokens API, integracjami.